学院拥有省部级重点学科1个，省部级特色专业1个，国防科工委紧缺专业1个。建有国家推广中心1个，教育部工程中心1个，江苏省技术中心1个。开设3个本科专业，拥有2个博士点、4个硕士点、2个工程硕士领域。
根据国内外环境和生物工程相关专业发展趋势，逐步形成了
水污染控制理论与工程、大气污染控制技术与工程、固体废弃物处理与处置技术、环境监测理论与技术、膜分离理论与技术、环境生物材料、
基因工程与生物物质分离提取，生物化学与酶工程，资源微生物开发和利用、辐射防护与核安全工程等多个研究方向。
学院拥有一支由40余名教学、科研与实验人员组成的高水平研究队伍。其中高级职称29人，教师和科研人员中拥有博士学位的比例达到75%，具有海外留学背景的超过60%，形成了结构优化、团结协作、富有创新的团队。一些中青年教师已迅速成长为国内有一定影响的学科带头人，多人分别获得“
中国青年科技奖”、“全国环保杰出贡献者”、“霍英东教育基金”、“江苏青年科技奖”和江苏省“有突出贡献中青年专家”等奖励。
学院先后承担了国家863、973、
国家自然科学基金、国防军工等一批重点重大项目，科研经费逐年上升。发表学术论文1000余篇。先后获得包括国家科技进步一等奖、省部级科技进步一等奖等在内的各类国家、省部级科技成果奖30多项；同时，学院还积极与大型企业合作，完成许多产学研及环保合作项目，解决了围绕企业的环保技术难题，在国内外具有较高的知名度和影响力。
学院十分注重国内外的学术交流和合作。与美国、
加拿大、澳大利亚、
法国、瑞典、
日本等国及港台地区的高校和科研机构建立了长期的合作关系。每年派出多名访问学者、交流学者、研究生到国外知名高校学习交流，有效提升了学院的自主创新能力和科技竞争力。
环境工程专业是江苏省特色专业，并有“环境工程”博士点和“环境工程”、“环境科学”硕士点及“环境工程”工程硕士培养领域的支撑。相应的环境工程学科是部级重点学科。环境工程专业培养国家环境保护事业发展所需要的高层次技术人员、科研人员和管理人员。成立于1980年，是江苏省成立最早，也是国内同类院校中招生较早的环境工程专业之一。
该专业以化学化工为基础，涉及的内容主要包括：污染治理与控制理论及工程化、废水处理与回用、大气污染控制、环境监测、废弃物资源化与循环利用、环境友好技术等。并已在多方面形成了鲜明的特色和较强的优势。在培养过程中注重加强基础，优化专业课程，提高学生的工程设计能力、动手能力和实践能力，同时拓宽知识面，适应社会需求。毕业生就业方向主要是设计单位、科研单位、政府部门、大专院校、工业企业的环保机构等。
以生物化工研究为专业的学科支撑，具有较强的学科交叉性，涉及生物学、化学等自然科学。是以现代生物科学为背景，以工程技术为手段，以生物技术成果转化或产业化为目标的综合性工程技术专业。
辐射防护与
核安全工程专业为国家紧缺专业，以江苏省特色专业“环境工程专业”为依托，凭借在环境监测及污染控制方面的优势，培养具有辐射监测、辐射安全评价、辐射
污染防治技术等专业知识的高级工程技术人才，为国防工业、核工业及核环境保护、核设施安全评价等相关领域提供高级工程技术人员，缓解辐射防护及环境保护方面人才短缺的局面。